Zakład Nauk Społecznych przekształcił się w 1990 roku w Studium Nauk Społecznych i był jednostką ogólnouczelnianą. Mimo to nie prowadził własnego kierunku studiów. Już rok później w 1991 roku stracił on swoją samodzielność i został włączony do Instytutu Historii jako Zakład Myśli Filozoficznej i Społecznej. Wraz ze wzmocnienia kadrowym, co wiązało się z zatrudnieniem kilku samodzielnych pracowników naukowo-dydaktycznych dotychczasowy zakład przemianowano na Katedrę Filozofii, którą afiliowano do Wydziału PedagogicznegoZarządzenia Rektora Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Słupsku nr 23/93 z dnia 1 lipca 1993 r..
Dalsze wzmocnienie kadrowe i organizacyjne katedry spowodowało przekształcenie jej w 1994 roku w Instytut FilozofiiZarządzenie Rektora Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Słupsku nr 17/94 z dnia 27 września 1994 r.. Była to pozawydziałowa jednostka organizacyjna uczestnicząca w działalności dydaktycznej i wychowawczej. Instytut powstał formalnie z połączenia Katedr Filozofii i Wychowania Plastycznego. W składzie nowo powołanego instytutu funkcjonowały cztery zakłady: Historii Filozofii i Filozofii Współczesnej, Historii i Fenomenologii Religii, Etyki, Estetyki i Wychowania Plastycznego oraz samodzielna Pracownia Logiki, Metodologii i Filozofii Nauki.