W czasie II wojny burskiej (1899–1902), w roku 1901, wyjechała na wniosek rządu do Afryki Południowej, aby skontrolować zgodność z rzeczywistością doniesień Emily Hobhouse, założycielki Relief Fund for South African Women and Children sprzeciwiającej się stosowaniu przez Brytyjczyków taktyki „spalonej ziemi” i prowadzącej walkę o humanitarne traktowanie burskich kobiet i dzieci, uwięzionych w obozach koncentracyjnych. Protest Emily Hobhouse wsparł w Parlamencie David Lloyd George. Jej zarzuty zdecydowanie odpierał minister wojny, St John Brodrick, wykazując w 400-stronicowej oficjalnej Blue Book, że śmiertelność w obozach jest spowodowana zwyczajami Burów (m.in. brakiem higieny, szarlatanerią, uprzedzeniami, unikaniem brytyjskich szpitali). Raport Fawcett Commission potwierdził główne zarzuty Emily Hobhouse.
W roku 1908 premier Herbert Henry Asquith po objęciu rządu odwrócił się od realizacji programu zmierzającego do przyznania kobietom praw wyborczych. Millicent Fawcett – do tej pory liberalna – postanowiła, że wraz z NUWSS poprze w następnych wyborach kandydatów Labour Party (akceptującej program sufrażystek). Nie przyłączyła się do ruchu Sylvii Pankhursts (do którego należała m.in.