Przybycie Armii Mogunckiej zostało nieprzychylnie odebrane przez dowódców republikańskich, działających na miejscu. Wzajemna niechęć niekiedy miała zgubny wpływ na przebieg operacji wojskowych. Wskutek donosu, złożonego do Komitetu Ocalenia Publicznego trzech generałów Armii Mogunckiej: Klébera, Bouina de Marigny oraz Haxo pozbawiono dowództwa. Oskarżono ich o sprzyjanie rojalistom. Decyzja o odsunięciu ich od dowodzenia została jednak uchylona w listopadzie 1793 roku.
Haxo otrzymał zadanie rozbicia oddziałów powstańczych w Basse-Vendée i pojmania ich dowódcy, Charette'a. Wyruszył na wyprawę z zamiarem zdobycia wyspy Noirmoutier, siedziby Charette'a. W dniu 3 stycznia 1794 wyspa została zdobyta, jednak Charette zdążył ją wcześniej opuścić. Wysłannicy powstańców spotkali się z generałem Haxo w celu omówienia warunków kapitulacji. Haxo oznajmił im: „Prowadzę francuskie oddziały przeciwko francuskim powstańcom i, jako że mogę oszczędzić krwi jednych i drugich, obiecuję ocalić życie tych rojalistów, którzy się poddadzą.” Bez względu na obietnicę generała Haxo, komisarze Konwentu Pierre-Louis Prieur oraz Pierre Bourbotte postanowili zgładzić cały garnizon Noirmoutier. Protesty generała Haxo okazały się nieskuteczne. Decyzją republikańskiego generała Louisa Marie Turreau utworzono tzw.