W roku 1240 do Tybetu dotarły oddziały Mongołów wysłane przez Godana, syna Ugedeja (1229-1241), i tym samym Tybetańczycy stanęli w obliczu konfrontacji z mongolskim imperium. Mongołowie zgodnie ze swoją zwykłą praktyką dążyli do ustanowienia w Tybecie wasalnego władcy, który rządziłby w ich imieniu. Ich wybór padł na przywódcę potężnej szkoły sakja, Sakję Panditę, który dawał nadzieję na ustanowienie w rozdrobnionym Tybecie stabilnej władzy. Sakja Pandita w roku 1247 został zmuszony do złożenia hołdu Godanowi i zgodnie z późniejszą tybetańską tradycją w wyniku tego aktu doszło do przekazania mu w imieniu mongolskim władzy nad krajem. W rzeczywistości efektywną kontrolę nad Tybetem Mongołowie rozciągnęli jednak dopiero w roku 1265, kiedy przybył do niego dotychczas przebywający przy chanie Kubilaju (1259-1294) następca Sakji Pandity, jego bratanek Phagpa. Cieszył on się osobistym zaufaniem chana, który ustanowił go przełożonym buddyjskiego kleru w imperium. W roku 1268 w Tybecie został przeprowadzony spis ludności, który posłużył do ustanowienia obciążeń podatkowych na rzecz imperium, wprowadzono w nim także nowy podział administracyjny. Od początku ustanowiona za obcym pośrednictwem dominacja sakjapy spotykała się z oporem innych szkół.