I tak szkoła sakja, która swoją nazwę wzięła od klasztoru założonego w roku 1073, była ściśle związana z wywodzącym swoje pochodzenie od dynastii z Jarlungu rodem Khon. Pochodzący z niego pierwsi lamowie sakja dziedziczyli stanowisko po swoim ożenionym bracie, potem zaś opat klasztoru zazwyczaj był żonaty. Inne powstałe wówczas szkoły to kadam, żalu i kagju, z której wywodziły się takie tradycje jak karma, phagmodru i drigung.
W tym samym okresie ukształtowała się także religia bön. Bön „różni się nieznacznie od buddyzmu pod względem koncepcji metafizycznych, doktryn filozoficznych, jak również form organizacji monastycznej”. Bonpowie wierzą jednak, że historycznym Buddą naszej ery był nie Budda Siakjamuni, ale mityczny założyciel ich religii, Tonpa Sienrab Mibo. Bön miał być obecny w Tybecie na długo przed buddyzmem i cieszyć się opieką jego władców aż do czasów Trisong Decena. W przeciwieństwie do większości Tybetańczyków bonpowie budują zatem swą tożsamość w opozycji do buddyzmu, ponieważ o ile dla tych pierwszych „wczesne rozpowszechnienie” jest początkiem tybetańskiej historii zbawienia, dla wyznawców bönu jest ono początkiem katastrofy.
Panowanie mongolskie