Generalnym inwestorem muzeum jest archidiecezja warszawska. W 2016 minister kultury i dziedzictwa narodowego Piotr Gliński podpisał z archidiecezją umowę o współprowadzeniu placówki i przekazaniu do końca 2018 kolejnych 28 mln zł na dokończenie urządzania muzeum oraz 0,8 mln zł na działalność bieżącą.
Ogólne dofinansowanie muzeum i Świątyni Opatrzności Bożej z funduszy państwowych wyniosło pod koniec 2019 ok. 90 milionów złotych.
Działalność edukacyjna Muzeum prowadzi działalność edukacyjną skierowaną do uczniów szkół podstawowych i liceów. Warsztaty prowadzone na terenie Muzeum, jak i w szkołach skupiają się na postaci Jana Pawła II – jego pielgrzymkach i przesłaniu, oraz na osobie Stefana Kardynała Wyszyńskiego. Muzeum prowadzi również popularny projekt „Warszawa Wojtyły”
thumb|Skan dowodu osobistego kardynała Stefana Wyszyńskiego
Od roku 2011 Muzeum organizuje zwiedzanie Domu Arcybiskupów Warszawskich, w rocznicę śmierci prymasa Stefana Wyszyńskiego oraz w ramach Nocy Muzeów.
Muzeum organizuje i współorganizuje konferencje naukowe. i popularnonaukowe i wystawy poświęcone kolejnym rocznicom pielgrzymek Jana Pawła II do Polski, których dorobek jest corocznie publikowany.