Przedmiotem działania Muzeum jest: prowadzenie działalności o charakterze kulturalnym, naukowym i edukacyjnym, w zakresie historii Kościoła katolickiego, ze szczególnym uwzględnieniem postaci Jana Pawła II i prymasa Stefana kardynała Wyszyńskiego oraz gromadzenie, opracowywanie, konserwacja, przechowywanie i udostępnianie zbiorów oraz materiałów dokumentacyjnych, w zakresie dziedzictwa i przesłania życia papieża Jana Pawła II i prymasa Stefana kardynała Wyszyńskiego, ujętych na tle historii Polski i świata w kontekście historycznym, społecznym i religijnym.
Zgodnie ze statutem Muzeum Jana Pawła II i Prymasa Wyszyńskiego nadzór nad Muzeum sprawuje Arcybiskup Metropolita Warszawski i Minister Kultury i Dziedzictwa Narodowego.
Źródłami finansowania działalności Muzeum są: dotacje przekazywane przez Ministra i inne podmioty; środki przekazywane przez Archidiecezję; przychody z prowadzonej działalności; przychody z najmu i dzierżawy składników majątkowych; środki otrzymywane od osób fizycznych i prawnych oraz z innych źródełDziennik Urzędowy MKiDN poz. 27 z 2016 r..