We wrześniu 2007 został szkoleniowcem drugoligowego klubu Querétaro FC, który prowadził bez większych sukcesów aż do marca 2008, kiedy to odszedł z drużyny z powodu niezadowalających wyników. Jesienią 2008 pełnił funkcję trenera trzecioligowej ekipy Cuervos Negros de Zapotlanejo, po czym powrócił do Atlasu, obejmując ekipę w kategorii wiekowej siedemnastolatków. Z początkiem 2010 roku został asystentem argentyńskiego szkoleniowca Carlosa Ischii w seniorskiej drużynie Atlasu.
W sierpniu 2010 Mata został mianowany nowym trenerem Club Atlas w miejsce osiągającego słabe wyniki Ischii. Pod jego wodzą ekipa przerwała serię dziewięciu meczów z rzędu bez zwycięstwa, a ogółem zespół poprowadził ze średnim skutkiem w siedmiu spotkaniach, po czym został zastąpiony przez Benjamína Galindo. W latach 2011–2012 ponownie pracował w Querétaro FC, tym razem grającym już w pierwszej lidze, będąc trenerem zespołu U-20. Ponadto pełnił również rolę asystenta José Cardozo w ekipie seniorów tego klubu. W późniejszym czasie po raz kolejny wrócił do Atlasu, zostając asystentem szkoleniowca Omara Asada, a w październiku 2013, po jego odejściu, po raz drugi został pierwszym szkoleniowcem zespołu.