W 1658 roku nastąpiła sekularyzacja biskupstwa w Szlezwiku.
Po rozwiązaniu klasztoru kanoników w Bordesholm książę Christian Albrecht zarządził w 1666 roku przeniesienie ołtarza Brüggemanna do katedry. Ołtarz Brüggemanna jest jednym z największych retabulów w Europie Północnej: ma ponad 12 metrów wysokości i 7 m szerokości i zawiera prawie 400 wyrzeźbionych z dębu figur. Dziełem Brüggemanna jest też ponad 4-metrowej wysokości rzeźba św. Krzysztofa, stojąca w pobliżu portalu św. Piotra.
W XVII i na początku XVIII wieku w katedrze pojawiły się barokowe epitafia i portrety miejscowej szlachty. Na uwagę zasługują dwa dzieła Jürgena Ovensa: obraz Błękitna Madonna (1669) oraz ołtarz ufundowany przez Kielmannsecka.
Ostatnim znaczącym etapem budowy katedry św. Piotra była wysoka na 112 m wieża zachodnia, zbudowana w latach 1888–1894 według planów berlińskiego architekta Friedricha Adlera. Budowę sfinansował król pruski Wilhelm II. Na wysokości 65 m znajduje się platforma widokowa.