W XIV i XV wieku dokonano przebudowy wnętrza katedry. Po stronie północnej zbudowano drogę procesyjną dla kapituły katedralnej. Pod koniec XVI wieku w północno-wschodnim narożniku katedry zbudowano dwukondygnacyjną zakrystię. Właściwa zakrystia mieściła się na piętrze, natomiast na parterze był skarbiec katedralny. Po nadejściu reformacji zakrystia stała się kaplicą grobową książąt von Gottorf, prawnych następców dawnej kapituły katedralnej. Zachowały się duże fragmenty średniowiecznego wyposażenia katedry: Grupa Trzech Króli (Dreikönigsgruppe) z pełnoplastycznymi figurami naturalnej wielkości, pochodząca z końca XIII wieku i będąca jednym z najwcześniejszych przykładów tego typu sztuki na północ od Alp, Droga krzyżowa z lat 1420– 1450, chrzcielnica z brązu z 1480 roku, dzieło Henryka Klinghe, stalle w prezbiterium z początku XVI wieku oraz Grupa Krzyża Triumfalnego w lektorium (oba autorstwa nieznanego mistrza).
Okres poreformacyjny Najważniejszym dziełem z okresu poreformacyjnego w historii katedry jest ołtarz Hansa Brüggemanna, wykonany w latach 1514–1521 dla kolegiaty kanoników regularnych w Bordesholm na zlecenie księcia holsztyńskiego Fryderyka I i jego pierwszej małżonki Anny von Brandenburg. Fryderyk I po śmierci w 1533 roku został pochowany w katedrze św. Piotra.