Na kolejnym synodzie w 1996 wybrany został Biskup Kościoła, ks. Robert Mozer z Kokczetawu. Po tej decyzji doszło do przerejestrowania kościoła jako Kościół Ewangelicko-Luterański w Republice Kazachstanu, którego siedzibę przeniesiono do Akmoły. W 1999 w mieście tym, przemianowanym już na Astanę, powstało luterańskie seminarium duchowne w celu kształcenia duchownych dla kościoła.
Z czasem kościół ze wspólnoty praktycznie czysto niemieckiej stał się wieloetnicznym związkiem wyznaniowym, z odsetkiem wiernych narodowości niemieckiej wynoszącym w 2014 około 50–60% wszystkich członków.
W związku z koniecznością rozbiórki dotychczasowego miejsca modlitwy zboru w Astanie, w 2014 władze przeznaczyły dla zboru nową działkę, na której w 2015 przystąpiono do budowy nowej świątyni wraz z centrum administracyjnym całego kościoła oraz pomieszczeniami na potrzeby działalności parafialnej. Obiekt otwarto 17 września 2017.
Liczba wiernych Liczba osób identyfikujących się z luteranizmem (lecz w przeważającej większości nienależących oficjalnie do struktur kościoła ewangelickiego) wynosi na terenie Kazachstanu około 180 000.