Seminarium Inicjatorem przekształcenia szkoły duchownej w seminarium był biskup władykaukaski Włodzimierz, pierwszy ordynariusz samodzielnej eparchii władykaukaskiej, w 1894. Święty Synod pozytywnie rozpatrzył jego wniosek w 1895. 1 października tego samego roku szkoła rozpoczęła działalność w nowym kształcie. Uczniowie III klasy zostali automatycznie przeniesieni do V klasy seminarium duchownego. Z powodu złego stanu technicznego zabudowań szkolnych i przepełnienia placówki na pocz. XX wieku seminarium zostało rozbudowane na koszt Świętego Synodu. Uzyskało wtedy nową, przestronną siedzibę z nową cerkwią.
Większość wykładowców szkoły była ludźmi świeckimi. Jedynie rektor, inspektor i niekiedy jego współpracownicy byli duchownymi. W szkole wykładane były przedmioty ogólne, teologiczne, nauka języka osetyjskiego była obowiązkowa dla uczniów-Osetyjczyków, dla Rosjan zaś – fakultatywna. Absolwenci szkoły podejmowali – zgodnie z intencjami jej założycieli – pracę nauczycieli w szkołach parafialnych, niektórzy decydowali się na kontynuację nauki na studiach wyższych na różnych uniwersytetach w Rosji.