Przebieg misji Saturn SA-9, czwarta rakieta wersji Block II i jednocześnie pierwsza, która znalazła się na wyrzutni po zakończeniu fazy testów wystartowała o 14:37 UTC, 16 lutego 1965 roku. Był to pierwszy z trzech lotów, których celem było umieszczenie na orbicie kolejnych satelitów Pegasus. Misja zakończyła się sukcesem. Satelita Pegasus 1 został umieszczony na orbicie bez problemów. Po 631,66 sekundach lotu drugi stopień rakiety, IU i makieta statku Apollo zaczęły okrążać Ziemię.
Makieta Apollo BP-16 pozostawała na orbicie przez ponad 20 lat, spłonęła podczas ponownego wejścia w atmosferę 10 lipca 1985.
Pegasus 1 Po umieszczeniu na orbicie, rozłożenie skrzydeł satelity, które służyły jako detektory mikrometeoroidów odbyło się sprawnie. Wkrótce jednak Pegasus 1 zaczął się obracać w tempie 9,8 stopni na sekundę. Było to spowodowane kolizją strugi tlenu wypuszczanego ze zbiornika drugiego stopnia rakiety ze skrzydłami satelity.