Nowy prezydent, jako ekspansjonista, cieszył się, że do Unii dołączały kolejne stany, jednak jego celem było przede wszystkim skonsolidowanie tych, które już były zrzeszone i rozwinięcie ich pod względem gospodarczym. Pomimo opozycji Kongresu, Adamsowi udało się przeforsować ustawy zwiększające wydatki na budowy dróg, usprawnienie infrastruktury czy badania zasobów naturalnych. Dopilnował m.in. budowy kanałów pomiędzy rzeką Ohio a Chesapeake. Prezentował także postawę proindiańską i chciał, aby na zachodzie kraju wyznaczono specjalne strefy dla zamieszkania Indian, jednak pomysł ten spotkał się z dużym oporem w Kongresie i wniosek został odrzucony.
Jego proindiańska postawa i działania ponad interesami partyjnymi nie przysporzyły mu popularności, ani wśród polityków, ani wśród społeczeństwa amerykańskiego, dlatego kandydował w wyborach prezydenckich z ramienia Narodowej Partii Republikańskiej (frakcji wyłonionej z Partii Demokratyczno-Republikańskiej). Rywalem Adamsa był ponownie Andrew Jackson z Partii Demokratycznej. Jackson wystąpił z serią oskarżeń pod adresem Adamsa, głównie ze względu na jego domniemany układ z Henrym Clayem.