W tym okresie było leczonych stacjonarnie 39 312 osób, a 148 032 osób skorzystało z porad i zabiegów ambulatoryjnych. 1 stycznia 1963 zlikwidowano Państwowy Szpital Kliniczny nr 3 i z nowym etatem nr 21/256 zorganizowano w szpitalu ponownie 180-łóżkowy oddział ginekologiczno-położniczy, będący nadal bazą dla Kliniki Ginekologii i Położnictwa PAM. Etatowa liczba łóżek szpitala wzrosła do 480. W lipcu 1963 r. powstała Stacja Krwiodawstwa (Punkt Krwiodawstwa). 28 września 1966 zmarł nagle na terenie szpitala komendant płk lek. Bolesław Szaniawski, po którym na krótko komendantem został mjr lek. Tadeusz Marcinkowski, po nim od 31 grudnia 1966 płk lek. Bogdan Zieleniak. W listopadzie 1968 na podstawie rozkazu Ministra Obrony Narodowej została powołana kompania akademicka Wojskowej Akademii Medycznej przy 109 Wojskowym Szpitalu Garnizonowym W dniu 2 czerwca 1973 zmarł podczas wykonywania obowiązków służbowych komendant szpitala płk lek. Bogdan Zieleniak. 1 września obowiązki komendanta szpitala objął płk dr hab. n. med. Tadeusz Brzeziński. 1 marca 1974 placówka otrzymała rangę szpitala rejonowego z 620 łóżkami pod nazwą 109 Wojskowy Szpital Rejonowy. Uruchomiono nowe pracownie, zintegrowano bloki operacyjne, zorganizowano ogólnoszpitalną izbę przyjęć.