109 Wojskowy Szpital Garnizonowy/Rejonowy 4 grudnia 1946 zgodnie z etatem nr 21/66 szpital został przekształcony w Wojskowy Szpital Garnizonowy w Szczecinie z ilością łóżek 150. Na początku 1948 r. ilość łóżek zwiększono do 200. Dużą rolę odegrały w historii szpitala kliniki Pomorskiej Akademii Medycznej, które rozpoczęły działalność w szpitalu od 1949 r. W dniu 19 maja 1949 r. zgodnie z etatem nr 21/144 powstał oddział położniczo-ginekologiczny, który współdziałał z kliniką PAM. Następnie pomieszczenia Kliniki Położniczo-Ginekologicznej Pomorskiej Akademii Medycznej zostały wydzielone w 1950 r. jako odrębny Szpital Kliniczny nr 3. W dniu 30 września 1949 mjr lek. Bronisław Rabinowicz przekazał obowiązki komendanta szpitala ppłk. lek. Borysowi Wierstakowowi. W 1951 placówka na podstawie rozkazu Dowódcy POW nr 00313 z dnia 4 września stała się 109 Wojskowym Szpitalem Garnizonowym, dalej rozkazu Dowódcy POW nr 00313 z dnia 4 września Powstał pododdział neurologiczny przy oddziale wewnętrznym. W latach 1950–1954 szpital organizował Batalion Medyczno-Sanitarny na poligonie Drawsko. 28 listopada 1951 komendantem został ppłk dr med. Jerzy Gina, a ppłk lek. Borys Wierstakow odszedł na stanowisko szefa służby zdrowia Marynarki Wojennej.