W pracy Tragedia inteligencji (1926) szczegółowo analizował sytuację cywilizacyjną Rusi – z jednej strony odznaczała się ona bardzo wysoką kulturą religijną, czego dowodem są ikony i architektura cerkwi, z drugiej natomiast bardzo mizerną kulturą racjonalną. Opublikował prace „Św. Filip Metropolita Moskiewski” (1928, o Metropolicie Filipie krytyku Iwana Groźnego zamordowanym przez tegoż), „Święci dawnej Rusi” (1931), „Wiersze duchowe (Rosyjska wiara ludowa według wierszy duchowych)” (1935) i artykuł „Matka Ziemia”.
W latach 1931–39 Fiedotow redagował czasopismo „Nowe Miasto”. W publikacjach tego czasopisma była przedsięwzięta próba syntezy nowego duchowego ideału, jednoczącego lepsze strony socjalizmu, liberalizmu i chrześcijaństwa. W 1939 profesorowie udzielili Fiedotowowi surowej nagany i przedstawili mu ultimatum – albo opuści Instytut albo przestanie publikować artykuły na tematy polityczne w dzienniku „Nowa Rosja” i innych drukowanych organach lewoliberalnego kierunku. W obronie Fiedotowa wystąpił N.A.Bierdiajew (artykuł „Czy istnieje w prawosławiu wolność myśli i sumienia ?