W 1918 Fiedotow razem z zorganizował religijno-filozoficzne kółko „Zmartwychwstanie” i publikował w dzienniku tego kółka „Wolne Głosy”. W latach 1920–1922 wykładał historię wieków średnich w Uniwersytecie Saratowskim. W latach 1922–25 był pracownikiem naukowym I Oddziału Wydziału Nauk Społecznych Uniwersytetu Petersburskiego/Leningradzkiego. Opublikował szereg prac naukowych poświęconych europejskiemu średniowieczu: „Listy Błogosławionego Augustyna” (1911), „Bogowie Podziemia” (1923), „Abelard” (1924), „Życie feudalne w kronikach Lamberta d’Ardres” (1925). Praca Fiedotowa o Dantem („O utopii Dantego”) była zakazana przez cenzurę radziecką.

W 1925 Fiedotow otrzymał pozwolenie na wyjazd do Niemiec w celu studiów nad wiekami średnimi. Do ZSRR nie wrócił. Dalej pojechał do Francji, gdzie od 1926 do 1940 był profesorem na Prawosławnym Teologicznym Instytucie Św. Sergiusza w Paryżu. Tam zbliżył się do Nikołaja Aleksandrowicza Bierdiajewa i Jelizawiety Juriewnej Skobcowej (znanej jako Matka Maria, Mère Marie). W centrum historyczno-kulturowych badań Fiedotowa na emigracji była przede wszystkim duchowa kultura Średniowiecznej Rusi.