Znaleziska archeologiczne wskazują na obecność grodziska w drugiej połowie XII – na początku XIII wieku. Według tradycji Zwienigorod został założony w 1152 r. przez Jerzego Dołgorukiego, księcia rostowsko-suzdalskiego. Po raz pierwszy Zwienigorod wymieniony został w testamencie wielkiego księcia moskiewskiego Iwana Kality w 1339 jako nadział Iwana Iwanowicza. W ten sposób utworzone zostało udzielne księstwo zwienigorodzkie z ośrodkiem w Zwienigorodzie. Jednak pierwsi książęta zwienigorodzcy zazwyczaj mieszkali w Moskwie.
Książęta wznieśli w mieście umocnienia obronne, utrzymywali drużynę i przyjmowali hołdy. Centrum ówczesnej osady był kreml na zachodnich obrzeżach dzisiejszego miasta, nazywany współcześnie przez mieszkańców „Gródkiem”.
Zgodnie z wolą Dymitra Dońskiego w 1389 księstwo zwienigorodzkie otrzymał jego młodszy syn, Jerzy Dymitrowicz, który uczynił Zwienigorod prawdziwą stolicą swoich posiadłości i mieszkał w nim niemal nieprzerwanie aż do 1425. Podczas rządów Jerzego Dymitrowicza miasto przeżywało swój rozkwit. Wokół kremla usypano system ziemnych wałów, wzdłuż grzbietu których wzniesiono wysoką palisadę z wieżami obronnymi. Resztki drewnianych umocnień przetrwały do dziś.