Całość miał sfinansować rząd peruwiański, przy czym Henry Meiggs miał z własnych funduszy płacić inżynierom i robotnikom oraz z rąk prywatnych wykupić grunty leżące na trasie budowanej kolei, rząd zobowiązał się przekazać grunty państwowe i zwrócić zainwestowane pieniądze oprocentowanymi bonami.
Prace rozpoczęto uroczystym wmurowaniem kamienia węgielnego 1 stycznia 1870 w Limie. Prace wykonawcze rozpoczęto 20 stycznia tegoż roku. Początkowo przebiegały one sprawnie, gdyż linie prowadzono dobrze zagospodarowaną doliną rzeki Rímac. Od 54 kilometra, w rejonie położonej na wysokości 860 m n.p.m. stacji Chosica, budowa wkroczyła w teren górski. Po czterech latach pracy w trudnych warunkach klimatycznych i terenowych, prowadzono kolej trawersując zboczami gór, budując półki skalne, wykuwając 63 tunele łącznej długości ponad 6000 m i budując szereg mostów. Wśród nich wybudowano jeden z największych ówcześnie na świecie wysokości 77 m i 175 m długości (tzw. wiadukt Verrugas). W kwestii liczby wzniesionych mostów są duże rozbieżności. W opracowaniach biograficznych wymienia się liczbę 30 mostów zbudowanych przez Malinowskiego. Watt Stewart, biograf Henry’ego Meiggsa, podał liczbę 61 obiektów łącznej długości 1832 m. Ernest Malinowski we własnoręcznie wykonanym kosztorysie przewidywał 45 mostów, w tym 3 duże.