Z powodu kłopotów finansowych projekt zrealizowano jedynie na odcinku 136 km.
Podczas konfliktu zbrojnego z Hiszpanią w 1866 Ernest Malinowski został powołany na stanowisko głównego inżyniera w porcie Callao koło Limy, gdzie wraz z Felipe Arancibą i José Cornelio Bordą przygotował projekt ufortyfikowania portu. Wziął udział w obronie portu, walcząc na wałach fortu Santa Rosa. W obronie portu zastosował wiele nowatorskich rozwiązań inżynieryjnych m.in. wielkokalibrowe działa, pochodzące z demobilu po amerykańskiej wojnie secesyjnej kazał wyposażyć w pancerze i umieścić na platformach kolejowych, by mogły łatwo zmieniać położenie. Zwiększało to znacząco mobilność artylerii oraz sprawiało na przeciwniku wrażenie, że obrona dysponuje większą liczbą dział niż w rzeczywistości. W uznaniu zasług otrzymał dyplom, medal oraz honorowe obywatelstwo Peru.
O połączeniu drogowym wybrzeża z wnętrzem Peru mówił już w 1825 Simon Bolivar. W 1853 Kongres uchwalił ustawę o budowie dróg i kolei, a w 1859 wydał dekret powołujący komisję mającą zbadać możliwość budowy kolei przez Andy. Ze względu na potrzebę realizowania innych inwestycji sprawę szlaku kolejowego odłożono.