Szybko pojawiły się trudności w utrzymaniu oraz rozbudowie tej szkoły i Ernest Malinowski wycofał się ze współpracy w dziedzinie szkolnictwa. Następnie realizował kilka pomniejszych projektów budowlanych oraz drogowych. W 1856 wziął udział w pracach komisji opiniującej projekt rozbudowy i modernizacji Casa de Moneda w Limie, czyli mennicy państwowej. Ponadto opublikował krótkie studium na tematy monetarne i opracował wzorzec tzw. złotego etalonu, czyli zawartości kruszcu w monecie.
Zaprojektował (1858) i nadzorował brukowanie ulic i placów w Arequipie, w ramach kompleksowej odbudowy miasta po zniszczeniach wojennych. Nadzorował prace modernizacyjne kamiennego mostu Izacuchaca. Po powrocie do Limy w końcu 1858 przedłużył kontrakt z rządem peruwiańskim na kolejne trzy lata. W 1859 wraz z Mario Alleonem i Gerritem Backusem zaprojektował linię kolejową Pisco – Ica liczącą 74 km, zaś w 1864 ze Stephenem Crosby i D. N. Paddisonem linię kolejową z Chimbote do Huaraz długości prawie 277 km, na której pokonywano różnicę terenu ponad 3 tys. metrów. Ernest Malinowski od 1869 nadzorował budowę tej linii.