Pracę na uczelni łączył z działalnością w praktyce gospodarczej. Począwszy od 1957 pracował w wielu instytucjach w charakterze: sekretarza naukowego i konsultanta w IKCHZ (którego następcą jest Instytut Badań Rynku, Konsumpcji i Koniunktur), doradcy ministra finansów, ministra rynku wewnętrznego, konsultanta naukowego w Instytucie Gospodarki Materiałowej. Był ekspertem Polskiego Towarzystwa Ekonomicznego.
30 listopada 2004 w Szkole Głównej Handlowej odbyła się konferencja honorująca jubileusz 50-lecia pracy naukowo-dydaktycznej prof. Jana Szczepańskiego i prof. Lecha Szyszko, zorganizowana przez współpracowników z Katedry Finansów Przedsiębiorstwa SGH.
25 stycznia 2017 podczas uroczystego posiedzenia Senatu SGH odbyło się odnowienie dyplomu doktorskiego prof. Jana Szczepańskiego. Z tej okazji ukazała się Złota Księga dla Profesora Jana Konstantego Szczepańskiego nakładem Oficyny Wydawniczej SGH.
Wybrane publikacje