Abramović zmarł 18 listopada 1996 roku. 6 stycznia 1997 roku na jego następcę wybrano Miraša Dedeicia, który przyjął imię kościelne Mihailo. W 1998 roku został konsekrowany w Sofii przez hierarchów pozostających poza wspólnotą kanonicznych Kościołów prawosławnych.

Współczesny CPC został wpisany do państwowej ewidencji wspólnot religijnych w 2000 roku.

Okres po odzyskaniu niepodległości przez Czarnogórę

Po odzyskaniu przez Czarnogórę niepodległości w 2006 roku status CPC, jego relacje z Serbskim Kościołem Prawosławnym oraz kwestia własności i użytkowania świątyń stały się ważnymi elementami debaty publicznej.

CPC zgłaszał roszczenia dotyczące dostępu do historycznych cerkwi i monasterów pozostających pod kontrolą Serbskiego Kościoła Prawosławnego. W raporcie za 2023 rok Departament Stanu USA odnotował stanowisko CPC, według którego wspólnota powinna mieć dostęp do ponad 750 obiektów prawosławnych kontrolowanych przez SPC.

Spór o zwierzchnictwo od 2023 roku

Zgromadzenie z 3 września 2023 roku

3 września 2023 roku w Cetynii odbyło się zgromadzenie części duchowieństwa i wiernych CPC skupionych wokół Borysa Bojovicia.