Awtonomow przybył do Berlina, gdzie spotkał się z atamanem Kozaków dońskich gen. Piotrem N. Krasnowem. Na pocz. sierpnia za zgodą Niemców zaczął tytułować się biskupem przy Głównym Zarządzie Wojsk Kozackich. W poł. listopada Synod Cerkwi zagranicznej nie uznał jednak tego statusu i ogłosił go samozwańcem. Na pocz. 1945 r. na prośbę gen. P. N. Krasnowa przybył do północnych Włoch, gdzie stacjonował Kozacki Stan, ale został rozpoznany z okresu sowieckiego przez kozackich duchownych, po czym był zmuszony powrócić do Niemiec. Po zakończeniu wojny N. P. Awtonomow został przyjęty w Watykanie przez papieża Piusa XII, którzy przyjął go do Kościoła Katolickiego, ogłaszając metropolitą niemieckim obrządku wschodniego. W grudniu 1945 r. przybył do Monachium, gdzie zaczął wydawać czasopismo „Kołokoł”. Ufundował też cerkiew greckokatolicką św. Mikołaja. Jednakże po roku został zniesiony ze swojej funkcji i osadzony w monastyrze. W poł. grudnia 1947 r. został aresztowany przez Amerykanów pod zarzutem szpiegostwa na rzecz ZSRR. W poł. marca 1948 r. wyszedł na wolność. Stolica Apostolska skierowała go do posługi duchownej wśród emigrantów rosyjskich w Ameryce Południowej. Tam jednak zerwał z katolicyzmem, po czym przybył do USA. W latach 50.