Przez niemal całe dwudziestolecie międzywojenne trwały prace remontowe, które zakończyły się dopiero w 1938 roku.
Po II wojnie światowej i wysiedleniu Polaków z ziemi bołszowieckiej kościół zamknięto, a władze sowieckie urządziły w nim skład zboża oraz nawozów sztucznych, natomiast budynek klasztoru przekształcono w chlew dla świń i stajnię dla bydła. Zabudowania były sukcesywnie rozbierane przez miejscową ludność ukraińską.
Wspólnota rzymskokatolicka odzyskała budynki w stanie ruiny na początku lat 90. Od 2001 roku zabudowania znajdują się pod opieką ojców franciszkanów. Archeolodzy z Wrocławia podczas prowadzenia prac zabezpieczających w 2006 roku w katakumbach pod Sanktuarium odnaleźli szczątki hetmana Kazanowskiego. Kościół został objęty projektem rewaloryzacyjnym, realizowanym w ramach Programu Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego „Dziedzictwo Kulturowe”, finansowanym ze środków ministerialnych, które pochodzą bezpośrednio z budżetu Państwa Polskiego. Natomiast środki na odbudowę klasztoru pochodzą z Senatu RP i Ministerstwa Spraw Zagranicznych RP. Bryła klasztoru została już odnowiona. W 2012 roku dobudowano ostatnie skrzydło zamykające czworobok klasztorny. 11 lipca 2016 roku arcybiskup lwowski Mieczysław Mokrzycki poświęcił odbudowany kościółOdrodzone sanktuarium Matki Bożej w Bolszowcach.