W 1648 roku nastąpiła konsekracja kościoła. Zabudowania były wielokrotnie burzone podczas najazdów Kozaków, Szwedów, Tatarów i Turków. W 1671 roku Sanktuarium zostało zniszczone do tego stopnia, że zakonnicy przez kilkadziesiąt lat modlili się w drewnianej kaplicy. W 1699 roku okoliczna szlachta zaczęła zbierać fundusze na odbudowę klasztoru, do której przystąpiono w 1718 roku. Kościół ponownie konsekrowano w 1725 roku rękoma arcybiskupa lwowskiego Jana Skarbka, a rekonstrukcję zabudowań ostatecznie zakończono w 1728 roku. Kolejne prace restauracyjne przeprowadzono w latach 1767-1766. 15 sierpnia 1777 roku, w święto Wniebowzięcia arcybiskup lwowski Wacław Hieronim Sierakowski dokonał koronacji cudownego obrazu Matki Boskiej Bołszowieckiej. Kolejne remonty Sanktuarium prowadzono po 1860 roku i pod koniec XIX wieku.
Ogromnych zniszczeń kościół i klasztor doznał podczas I wojny światowej, kiedy w rejonie Bołszowiec toczyły się ciężkie walki pomiędzy wojskami rosyjskimi i austriackimi.