Sekretarz stanu Stanów Zjednoczonych thumb|150px|Pieczęć Departamentu Stanu Po swoim zaprzysiężeniu na 1. prezydenta USA, George Washington zaproponował mu objęcie urzędu sekretarza stanu. Propozycję Jefferson przyjął i objął urząd 26 września 1789. Już wówczas rodziły się silne antagonizmy pomiędzy sekretarzem stanu a sekretarzem skarbu Alexandrem Hamiltonem, pod którego silnym wpływem był prezydent Washington. Obaj panowie spierali się głównie w kwestii centralizacji władzy federalnej i sympatyzowania z mocarstwami europejskimi. Już pod koniec 1792 Jefferson chciał zrezygnować ze stanowiska, lecz za namową prezydenta postanowił pozostać na stanowisku jeszcze przez rok. Kiedy w lutym 1793 Francja wypowiedziała wojnę Anglii, Jefferson opowiadał się za neutralnością USA, podobnie jak Hamilton i Washington. W odróżnieniu jednak od nich, sekretarz stanu chciał, aby nie wypowiadać się na temat neutralności, dopóki któraś ze stron konfliktu o to nie poprosi. Dodatkowym problemem, była dla niego kłopotliwa działalność francuskiego posła Edmonda-Charles’a Genêta, który ostatecznie został wydalony ze Stanów Zjednoczonych.