Od 1 czerwca 1779 do 3 czerwca 1781 Jefferson pełnił funkcję gubernatora Wirginii. W tym okresie, trwała wojna o niepodległość Stanów Zjednoczonych, podczas której Anglicy, wspierani przez Indian atakowali obrzeża stanu Wirginia. Niemający wojskowego doświadczenia Jefferson, odszedł ze stanowiska, na rzecz żołnierza Thomasa Nelsona, a następnie musiał uciekać z Monticello do kryjówki w Poplar Forest.
Ambasador we Francji thumb|150px|Tablica upamiętniająca miejsce zamieszkania Jeffersona w Paryżu 7 maja 1784 mianowano go ministrem pełnomocnym we Francji, by pomógł Benjaminowi Franklinowi i Johnowi Adamsowi w zawarciu układów handlowych i konsularnych z państwami Europy. Niecały rok później, 10 marca 1785 został mianowany następcą Franklina. Podczas jego pobytu na placówce dyplomatycznej, na Konwencji Konstytucyjnej w USA komisja opracowała i uchwaliła Konstytucję Stanów Zjednoczonych, do której Jefferson przysłał zawczasu listownie kilka poprawek. Funkcję ambasadora pełnił do października 1789 roku.