Organizmy wodne EPA w Stanach Zjednoczonych twierdzi, iż klotianidyna nie powinna przedstawiać ostrego ani chronicznego ryzyka dla wody pitnej oraz ryb morskich, jak i ryzyka dla lądowych i wodnych roślin naczyniowych i nienaczyniowych. Uważa się, iż jest toksyczna dla morskich bezkręgowców, jeśli odpady po jej użyciu nie są usuwane zgodnie z podanymi instrukcjami. Pest Management Regulatory Agency w Kanadzie określa ją jako “bardzo silnie toksyczną” dla wodnych bezkręgowców, ale tylko nieznacznie toksyczną dla ryb.
Ptaki Według EPA klotianidyna praktycznie nie jest toksyczna dla gatunków ptaków, na których były wykonywane doświadczenia. Jednakże długotrwałe spożywanie zaprawionych nasion może nieść za sobą ryzyko przewlekłej intoksykacji małych ptaków, klotiamidyna może mieć też wpływ na twardość skorupki jaj. PMRA w Kanadzie określa klotianidynę jako “umiarkowanie toksyczną” dla ptaków.
Pszczoły i inne owady zapylające Pszczoły miodne zapylają rośliny odpowiedzialne za około jedną trzecią ludzkiej diety;