Ssaki Klotianidyna jest umiarkowanie toksyczna dla ssaków poprzez podanie drogą pokarmową, przy ekspozycji krótkoterminowej. Długoterminowe przyjmowanie takiego pokarmu może wpływać na rozwój i reprodukcję. Badania na szczurach wykazały niską i krótkoterminową doustną, skórną i oddechową toksyczność klotianidyny. Klotianidyna jest prawdopodobnie umiarkowanie toksyczna dla ludzi poprzez ekspozycję oralną, zaś wobec kontaktu ze skórą czy w przypadku inhalacji jej toksyczność jest niska. Chociaż może wywołać nieznaczne podrażnienia oczu, nie przewiduje się, by miała uczulać czy podrażniać skórę. Nie działa mutagennie, nie ma też dowodów, na jej kancerogenność u szczurów lub myszy, jest mało prawdopodobne by była substancją rakotwórczą dla człowieka. Dopuszczalne ilości klotianidyny w żywności i karmie dla zwierząt różnią się w zależności od uprawy i kraju. Używana zgodnie z instrukcjami na etykiecie, nie stanowi zagrożenia, pozostałości klotianidyny w żywności nie powinny w takim przypadku przekroczyć bezpiecznego poziomu.