W 1987 roku był obiektem prac renowacyjnych i jest różnorodnie wykorzystywany. Parafia liczy ok. 900-1.000 wiernych – podczas gdy na początku XX wieku liczyła 3.000 – i nie są już potrzebne wszystkie ławki. Zdecydowano więc uwolnić boczną nawę południową, aby stała się miejscem wystaw. Instalacja nowych ław pozwala urządzać koncerty, podczas gdy podkreślenie walorów budowli i architektury gotyckiej realizowane jest poprzez nowe oświetlenie.
7 maja 2006 roku w kościele św. Tomasza było celebrowane założenie Union Protestantischer Kirchen von Elsass und Lothringen (Unia Protestanckich Kościołów Alzacji i Lotaryngii).
Kapituła św. Tomasza spełnia nadal rolę opiekuna Foyer Jeana Sturma, chociaż seminarium protestanckie mieści się w sąsiednim barokowym budynku. W każdą niedzielę odbywają się dwa nabożeństwa, jedno w języku niemieckim, a drugie w języku francuskim.
Architektura Kościół św. Tomasza jest kościołem halowym pięcionawowym, najstarszym dziełem budowlanym tego gatunku w ówczesnych południowo-zachodnich rejonach Niemiec. Wewnętrzna jego długość wynosi ok. 65 metrów, wysokość 22 metry (około 30 metrów pod kopułą nad skrzyżowaniem naw), szerokość ok. 30 metrów. Po lewej stronie zewnętrznej strony nawy są przymocowane empory.