Alzacja-Lotaryngia została przyłączona przez Cesarstwo Niemieckie w 1871 roku. Szkody były ciężkie w Strasburgu: wojna francusko-pruska zniszczyła Temple Neuf, w której znajdowała się ogromna biblioteka, jak również najlepsze organy Silbermanna. Państwo niemieckie uznało wcześniejsze postanowienia z 1801 roku dotyczące Kościoła Katolickiego, jak również te dotyczące Kościoła Ewangelickiego. Młody Albert Schweitzer kończy studia w Paryżu i w Berlinie. Bardzo uzdolniony jako organista, przygotowuje jednocześnie doktorat z filozofii na temat Kanta i z teologii. Wykłada na wydziale teologii, jest wikarym w kościele św.Tomasza i dyrektorem seminarium protestanckiego, które przylega do kościoła, zostaje też laureatem nagrody Nobla. Dzięki niemu też powstały organy chóralne w 1906 roku.
Kościół św. Tomasza na końcu XIX wieku odgrywa decydującą rolę w odnowie liturgii. To tutaj, Friedrich Spitta począwszy od 1888 roku eksperymentuje z nowymi formami religijnymi i zakłada Akademischer Kirchenchor (akademicki chór kościelny). od 1893 roku Julius Smend rozpoczyna tu wygłaszać kazania, a w latach 1894–1899 tworzy śpiewnik kościelny dla Alzacji-Lotaryngii Gesangbuch für Elsaß-Lothringen.