Spener nadal odwiedzał Drezno, ale więcej czasu spędzał w Berlinie ze swoim wpływowym patronem i protektorem.
Okres berliński 1691–1705 Z powodu nieporozumień z księciem Janem Jerzym III Wettynem, Spener chętnie przyjął w 1691 stanowisko prepozyta i radcy konsystorza przy kościele św. Mikołaja w Berlinie. Chociaż sam nie organizował spotkań, stał się orędownikiem pietyzmu. W kilku pismach bronił sprawy pietyzmu przed atakami ortodoksyjnych luteranów. Podczas reformy Uniwersytetu w Halle poparł kandydaturę Augusta Hermanna Francke, przedstawiciela pietyzmu, na stanowisko profesora. Wykorzystał również swoje wpływy przy obsadzaniu stanowisk duszpasterskich w Brandenburgii, wspierając kandydatów związanych z pietyzmem.
W ostatnich latach życia opublikował część swojej obszernej korespondencji jako „Theologische Bedenken“ (Teologiczne rozważania) (1700). Kolejne fragmenty jego korespondencji zostały opublikowane pośmiertnie jako „Consilia et iudicia theologica“ (1709 łacińskie listy) i „Letzte Theologische Bedenken“ (1711). Spener był ojcem chrzestnym Nikolausa von Zinzendorfa, założyciela wspólnoty braci morawskich.