Jako bibliotekarz sporządził w latach 1777–1787 słynny alfabetyczny katalog jej zbiorów.
Wywarł także duży wpływ na szkolnictwo wyższe – przez reformę szkół w Ilfeld (1770), Getyndze (1789), Hanowerze (1802); wykształcił ponad 300 nauczycieli.
W Akademii Nauk w Getyndze był sekretarz czasopisma Göttingischen Gelehrten Anzeigen, które drukowało recenzje i dyskusje naukowe tamtych czasów. Heyne napisał około 7000–8000 tekstów dla tego czasopisma.
W 1809 roku zrezygnował ze stanowiska profesora.
U schyłku życia był członkiem 30 towarzystw naukowych i akademii w kraju i zagranicą (m.in. w Berlinie, Kopenhadze, Londynie, Moskwie, Monachium, Paryżu, Petersburgu, Sztokholmie, Utrechcie).
Przy traktowaniu antycznych autorów szczególnie ostrej egzegezie poddaje poetów – ich zdolności, poetycką wrażliwość i poglądy. Pod tym względem wyprzedza wszystkich filologów swoich czasów. Natomiast w odróżnieniu do Gottfrieda Hermanna mało interesował się czysto filologicznymi aspektami, takimi jak krytyka tekstu, gramatyka, syntaktyka, stopa (metryka). Były one tylko środkiem do osiągnięcia celu, a nie przedmiotem głównych badań filologicznych. Słabość ta szczególnie ujawnia się w jego wielkim wydaniu Homera (8 tomów, 1802 rok), krytykowanym przez Friedricha Augusta Wolfa i jego uczniów.