W 1760 roku poślubił 30-letnią Therese Weiß, córkę Sylviusa Leopolda Weißa, wybitnego lutnisty. Córką z tego małżeństwa była pisarka Therese Huber, jedna z członkiń „Universitätsmamsellen” zwanych uczonymi córkami Getyngi. W pierwszym małżeństwie była żoną badacza przyrody Georga Forstera, który był przyjacielem jej ojca. W 1776 roku Therese zmarła na suchoty (gruźlicę). W 1777 roku poślubił Georginę Brandes, córkę radcy dworu Georga Friedricha Brandesa.
Heyne zmarł 14 lipca 1812 roku i został pochowany na cmentarzu Bartholomäusfriedhof w Getyndze. Na nagrobku widnieje napis quem dederat cursum fortuna peregit (aż do końca szedł drogą wytyczoną przez los).
Działalność thumb|Odyseusz i Eurykleja, rysunek Christiana G. Heyne. 1765 – rozpoczęcie tłumaczenia i nowe opracowanie angielskiej „Historii świata” Guthrie’a und Graya, którą dokończył w 1772 roku 1767 – ukazanie się 1 część komentarzy do Wergiliusza 1773 – wydanie utworów Pindara
W 1770 roku został sekretarzem akademii i wkrótce przeforsował jej gruntowną reorganizację.