Razem z Lukrecją w Pesaro spędził dwa lata, a w tym czasie dla ambitnej rodziny Borgiów wartość sojuszu z Mediolanem i Romanią zmniejszyła się. Ród Sforzów próbował wykorzystać jego bliskość z Borgiami na korzyść Mediolanu. Giovanni działał jako szpieg, ale został zdemaskowany przez Aleksandra VI. Tymczasem powstały inne korzyści polityczne (szczególnie sojusz z Neapolem), czyniąc strategiczne małżeństwo bezużytecznym. Lukrecja, przyzwyczajona do uprzywilejowanego życia na dworze papieskim, nie dostosowała się do prowincjonalnej atmosfery Pesaro. W Boże Narodzenie 1495 roku Giovanni i Lukrecja obecni były w sądzie w Rzymie.
Sforza był świadomy, że jego majątek był niepewny. Opuścił Rzym, aby kontynuować kampanię wojskową, a po powrocie (w lutym 1497 r.) szybko uciekł z miasta w przebraniu. Niektóre źródła mówią, że powodem tej decyzji było to, że papież i jego syn Cezar wymyślili spisek morderstwa Giovanniego, ale Lukrecja została poinformowana o nim przez brata i ostrzegła męża. Te informacje nie zostały udowodnione, ale pozostają nadal popularnym wyjaśnieniem.