II wojna światowa thumb|Bolt na Południowym Pacyfiku w roku 1943 W czerwcu 1941 roku Bolt został wezwany do odbycia szkolenia unitarnego. Chciał wprawdzie wstąpić do Korpusu Marines, jednak zapisał się do szkoły pilotażu US Navy, co miało mu umożliwić latanie dla Marines. Po ukończeniu szkolenia w listopadzie został kandydatem na pilota i tuż przed japońskim atakiem na Pearl Harbor otrzymał przydział do czynnej służby. W lutym 1942 roku skierowano go do bazy lotnictwa marynarki w Atlancie w Georgii. Po ukończeniu całego ciągu szkoleń na samolotach treningowych AT-6 Texan, N3N Canary i dwupłatowym Grumman F3F, w tych czasach najlepszym samolocie szkolnym US Navy, Bolt ukończył szkolenie 18 lipca 1942, uzyskując stopień podporucznika Korpusu Marines oraz odznakę pilota marynarki.
W tym też czasie Bolt zaczął spotykać się z Dorothy Wiggins, którą poznał w Sanford. W dwa lata później wziął z nią ślub, a efektem tego związku było dwoje dzieci: Robert i Barbara.