Młodość John Bolt urodził się 19 maja 1921 roku w Laurens w Karolinie Południowej. Był synem Thomasa Bolta i Brucie Bolt (z domu Bagwell). Miał młodszego brata, Bruce’a. W roku 1924 rodzina przeprowadziła się do Sanford na Florydzie. Koledzy nazywali Johna „Jackiem”. Rodzina nie była zasobna, więc od dziesiątego roku życia musiał sam dbać o siebie. Pracował najczęściej dorywczo, ale zdarzyło mu się również pracować (obok zajęć szkolnych) 30–40 godzin tygodniowo w miejscowej mleczarni. Zapisał się także do drużyny skautowej.
W czerwcu 1939 roku Bolt podjął naukę na Stanowym Uniwersytecie Florydzkim opłacając naukę pieniędzmi zarobionymi w latach uprzednich. W roku 1941, gdy brat również zapisał się na studia, co nadwyrężyło rodzinny budżet, John porzucił studia po drugim roku, żeby Bruce mógł zdobyć wykształcenie. W kwietniu 1941 roku wstąpił do Rezerwy Korpusu Marines, by szkolić się na pilota. Ostatecznie postanowił odłożyć szkolenie na później, bowiem Korpus zaoferował mu ukończenie studiów, płacąc 500 USD rocznie.