Jednym z jego bardziej znanych dzieł jest krytycznych wobec hinduizmu, chrześcijaństwa oraz brytyjskiego imperializmu zbiór esejów ''Grains of Gold: Tales of a Cosmopolitan Pilgrimage z lat 1934-1946. Podczas drogi powrotnej do Tybetu Gendun Chophel opracował mapę terenów wzdłuż linii McMahona, stanowiącej granicę pomiędzy Indiami, Tybetem a Chinami. Stało się to pretekstem do jego późniejszego oskarżenia i uwięzienia jako „komunistycznego szpiega”.
Tybet Po powrocie do Lhasy Chophel, współpracując z brytyjskim tybetologiem i dyplomatą Hughiem Richardsonem, zajął się pracą nad historią polityczną Tybetu - White Annals, której nie ukończył. Jego wolnomyślicielstwo doprowadziło w 1947 do aresztowania na podstawie sfabrykowanych oskarżeń konserwatywnej arystokracji i ortodoksyjnego duchowieństwa. W czasie aresztu większość jego zapisków i innych materiałów naukowych została skradziona. Po uwolnieniu, na przełomie 1949 i 1950 roku, Chophel powrócił do nauczania oraz ukończył z pomocą ucznia lamy Dawa Zangpo pracę nad najbardziej znanym i kontrowersyjnym ze swoich dzieł „An Ornament to Nagarjuna's Intent”.
We wrześniu 1951 był świadkiem zajęcia Lhasy w ramach „pokojowego wyzwolenia” Tybetu przez wojska chińskie. Zmarł w 1951, wkrótce po zajęciu Tybetu przez wojska chińskie.