Opublikował szereg tekstów kwestionujących tradycyjne poglądy tybetańskie na historię i geografię świata oraz pochodzenie pisma tybetańskiego, a także poezję satyryczną. Chophel był pierwszym badaczem starożytnych rękopisów z okresu tybetańskiego „wielkiego królestwa” (VII-IX wiek). Współpracował z pionierem tybetologii, amerykańskim badaczem buddyzmu tybetańskiego, Theosem Bernardem.
Pobyt Genduna Chophela w Kullu w Instytucie Urusvati założonym przez Nikołaja Roericha zaowocował współpracą z jego synem Jurijem Roerichem. Razem przetłumaczyli XV-wieczne Blue Annals, które stanowią źródło na temat historii tybetańskiego buddyzmu. W tym czasie miał kontakt z takimi ideami, jak sufizmu, prawosławie rosyjskie, filozofia Kanta, Schopenhauera i Marksa, jak też ze sztuką modernistyczną i symbolizmem.
W trakcie swojego pobytu w Indiach Chophel opublikował szereg artykułów w tybetańskojęzycznym niskonakładowym periodyku „The Tibet Mirror” związanym z kręgami reformatorskimi dążącymi do obalenia rządów Dalajlamy. Ponadto przetransponował do kultury tybetańskiej Kamasutrę, wzbogacając ją o komentarz oparty na własnym doświadczeniu (książka Tibetan Arts of Love: Sex, Orgasm & Spiritual Healing).