Natychmiast po konferencji organizator puczu spotkał się z dowódcą wycofanej z Gandży dywizji rosyjskiej W. Szczerbakiem, współpracownikami Heydəra Əliyeva, przedstawicielami Zgromadzenia Narodowego i muzułmańskiego duchowieństwa, jak również z wicepremierem Abbasowem, uzyskując ich poparcie – wszyscy wymienieni zaapelowali do obywateli, by wypowiedzieli prezydentowi posłuszeństwo.
Rząd azerski nie odpowiedział na ultimatum bezpośrednio po jego ogłoszeniu. Hüseynov, nie czekając na upływ terminu ultimatum, 10 czerwca wyruszył na Baku. W mieście już od 8 czerwca dochodziło do manifestacji antyrządowych, nastroje społeczne obróciły się zdecydowanie przeciwko prezydentowi i rządowi. Siły Hüseynova weszły do stolicy bez żadnego oporu. Prezydent, deklarując chęć uniknięcia eskalacji walk wewnętrznych, wyjechał z Baku do rodzinnej wsi w Nachiczewaniu. Prezydent uznał, że najkorzystniejszym wyjściem z sytuacji będzie uznanie przewodniczącego parlamentu, Heydəra Əliyeva, jako tymczasowego prezydenta. Już po ostatecznym zwycięstwie puczu jego organizatorzy przeprowadzili plebiscyt, w którym Elçibəyowi odebrano urząd prezydencki. Za odejściem dotychczasowego prezydenta opowiedziało się w nim 97% uczestników.