Był to wynik prowadzonego przez Wojewódzki Urząd Bezpieczeństwa Publicznego w Łodzi postępowania dyscyplinarnego.
W lipcu 1956 ciotka Jana – Klementyna Ciszewska, złożyła wniosek do Generalnej Prokuratury PRL o przeprowadzenie śledztwa przeciwko funkcjonariuszom PUBP w Łowiczu, a w szczególności przesłuchującemu Jana Piwowarczyka – Józefowi Salamonowi, podejrzanemu o spowodowanie jego śmierci. W tym samym roku w grudniu nastąpiła ekshumacja zwłok Jana, ale sekcja okazała się niemożliwa do przeprowadzenia. Ciało zostało złożone w grobie jego matki – Matyldy – na cmentarzu w podwarszawskim Rembertowie.
16 kwietnia 1957 Prokuratura Wojewódzka w Łodzi umorzyła śledztwo i stwierdziła brak podstaw do skierowania sprawy na drogę sądową z powodu przedawnienia, a akta sprawy przekazała Komendzie Wojewódzkiej MO w Łodzi i Sądowi Wojewódzkiemu.
Ostatecznie 23 marca 1992 Okręgowa Komisja Badania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Łodzi podjęła śledztwo w sprawie zamordowania Jana Piwowarczyka, a 1 marca 1996 Prokuratura Wojewódzka w Łodzi podjęła decyzję o umorzeniu postępowania.