Śmierć Jan Piwowarczyk został aresztowany wraz z kolegami przez funkcjonariuszy Powiatowego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego (PUBP) w dniu 10 listopada 1948 około godziny 23:00. Do zdarzenia doszło w miejscu jego zamieszkania – internacie Liceum Pedagogicznego przy ul. Stanisławskiego 31 w Łowiczu. W czasie przesłuchania aresztowani zostali oskarżeni o kradzieży czystych blankietów legitymacji Związku Młodzieży Polskiej (ZTM). Śledztwo Jana Piwowarczyka trwało 6 dni w trakcie, których był brutalnie bity przez funkcjonariuszy UB. Prawdopodobnie głównym przesłuchującym był Józef Salamon.
Ostatecznie Jan Piwowarczyk zmarł w nocy z 15/16 listopada w siedzibie PUBP przy ul. Długiej 26 w Łowiczu. Oficjalny raport wskazywał iż przyczyną śmierci Piwowarczyka miało być samobójstwo przez powieszenie za rękaw swetra na kaloryferze. Wersję tę potwierdzili lekarze dr Jan Kaczorowski i Ignacy Rybicki. Jeszcze tej samej nocy, Jan Piwowarczyk został potajemnie pochowany przy murze Cmentarza Emaus.
Już w listopadzie 1948 w sprawie śmierci Piwowarczyka został ukarany szef PUBP w Łowiczu – Stefan Czerwiński i referent Henryk Zamojski na 5 i 7 dni aresztu.