Okres weimarski thumb|180px|Wilhelm Ernst, Książę Saksonii-Weimaru-Eisenach W 1715 roku za pośrednictwem Buddeusa Gesner otrzymał stanowisko konrektora w Wilhelm-Ernst-Gymnasium w Weimarze. Ożenił się w 1718 roku z Elisabeth Caritas (1695-1761) z domu Eberhard, córką pastora z pobliskiej miejscowości Gera (dzisiaj Geraberg). W 1719 roku przyszedł na świat ich pierwszy syn Carl Philipp (1719–1780), przyszły lekarz przyboczny i lekarz dworu saksońskiego. Urodzona w 1721 roku córka Elisabetha poślubiła później Johanna Jakoba Hubera, który pracował od 1739 do 1742 jako profesor nadzwyczajny anatomii na uniwersytecie w Getyndze, a w następnych latach jako przyboczny lekarz władcy Wilhelm VIII Heskiego w Kassel.
Obok działalności w gimnazjum Gesner był także administratorem książęcych zbiorów numizmatycznych i biblioteki – zwanej Zbiorem Schurzfleischa (Schurzfleisch Sammlung) a później Biblioteką Księżnej Anny Amalii (Herzogin-Anna-Amalia-Bibliothek). W ramach tej pracy w 1723 powstał dziewięciotomowy katalog imienny, przygotował katalog rzeczowy, dokonał remanentu biblioteki i sporządził drukowane sprawozdanie pt.