Czas studiów w Jenie W 1710 roku Gesner wstąpił na uniwersytet w Jenie. Dzięki interwencji Jakoba Friedricha Weihla otrzymał stypendium. Aby poprawić swoją sytuację finansową pisał okolicznościowe poematy (z okazji wesel lub urodzin). W 1712 roku zamieszkał u swego ulubionego nauczyciela teologa Johanna Franz Buddeusa, gdzie uczył jego syna. Buddeus był także tym, który stworzył mu dostęp do klasycznej filologii, a przez udostępnienie swojej biblioteki umożliwił samodzielne poszerzanie wykształcenia. W 1714 roku Gesner opublikował swoją pierwszą pacę filologiczną Philopatris dialogus Lucianeus, w której wykazał, że Philopatris nie jest napisana przez Lukiana z Samosat, ale w czasach cesarza Juliana Apostaty, czyli musiała powstać 200 lat wcześniej. Rok później ukazuje się Institutiones rei scholasticæ (Zasady pedagogiki), jego pierwsze praca pedagogiczne, w której przedstawia poglądy 17-wiecznych reformatorów szkolnictwa i swoje własne pomysły.