Franciszka do ryb.
thumb|Śmierć zakonników franciszkańskich na rynku w Przemyślu w roku 1498 Nawa Prawa W nawie tej znajduje się kaplica Pana Jezusa Miłosiernego, którą zbudowano w 1911 w miejscu, gdzie znajdował się magazyn sprzętów kościelnych. Pracami kierował architekt przemyski Stanisław Majerski. Ołtarz ten z konsekrował 4 lutego 1912 biskup sufragan przemyski Karol Józef Fischer. W kaplicy umieszczono XVII wieczny (lub starszy) obraz Chrystusa Miłosiernego. Na filarach znajdują się także ołtarze św. Walentego i bł. Jakuba Strzemię. W tylnej części nawy fresk przedstawiający śmierć zakonników franciszkańskich w rąk żołnierzy Stefana III Wielkiego hospodara mołdawskiego w roku 1498.
thumb|Oblężenie miasta przez wojska Jerzego II Rakoczego w 1657 i procesja z relikwiami św. Wincentego Nawa Lewa W nawie tej znajdują się ołtarze św. Maksymiliana Kolbego nad którym umieszczono obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy w otoczeniu rokokowych figur aniołów. Na filarach widoczne są ołtarze św. Wincentego i Przemienienia Pańskiego. W bocznej ścianie fresk przedstawiający przekazanie obrazu Chrystusa Miłosiernego (z prawej nawy) do kościoła przez Augustyna Ulińskiego w 1770 roku. W tylnej części fresk przedstawiający oblężenie miasta przez wojska Jerzego II Rakoczego w 1657 i cudowne ocalenie za wstawiennictwem św.