Wnętrze Prezbiterium Ołtarz główny zaprojektowany został przez lwowskiego architekta i rzeźbiarza Piotra Polejowskiego. Centralnym elementem ołtarza jest cudowny obraz Matki Bożej Niepokalanej z przełomu XVI/XVII wieku. Nad nim umieszczono obraz Śmierć św. Marii Magdaleny. W ołtarzu znajdują 4 duże rokokowe rzeźby wykonane przez Piotr Krasny, Jakub Sito: "Pan Piotr Polejowski snycyrz lwowski" i jego dzieła w kościele Franciszkanów w Przemyślu, s. 180–182.: św. Piotra, św. Pawła, bł. Jana Dunsa Szkota i bł. Idziego z Asyżu} oraz figury kobiece, alegorie Wiary i Nadziei. W bocznych ścianach ołtarza głównego wiszą obrazy przedstawiające modlitwę św. Franciszka (prawa strona) oraz bł. Jakub Strzemię Adorujący Najświętszy Sakrament (lewa strona). W prezbiterium znajdują się portrety głównych darczyńców budowy kościoła: abp Wacława Hieronima Sierakowskiego (1775) oraz Sebastiana i Wawrzyńca Morskich (1778), a także obraz z wizerunkiem biskupa Eryka de Winsen (1775).
thumb|Obraz Chrystusa Miłosiernego - XVI/XVII wiek
Nawa Główna W nawie głównej znajdują się dwa ołtarze: św. Antoniego i św. Franciszka. Po lewej stronie widoczna ambona (1778), dłuta Piotra Polejowskiego, z figurą stojącego na globusie św. Franciszka, wygłaszającego kazanie do ptaków i płasko rzeźbioną sceną kazania św.