Dokumenty dowodzą, że odpowiedzialność za narażenie okrętu na niebezpieczeństwo ponoszą w pierwszej mierze admirałowie US Navy. Komandor McVay zażądał dla „Indianapolis” eskorty niszczycieli, ale odmówiono mu, bowiem niszczyciele miały eskortować transportowce zmierzające ku Okinawie i podejmować z morza załogi zestrzelonych samolotów B-29. Co więcej dowództwo uznało, że na tym etapie wojny okręt McVaya będzie bezpieczny. Wiele okrętów, przede wszystkim niszczycieli, wyposażonych było w urządzenia do wykrywania okrętów podwodnych, ale „Indianapolis” takiego sprzętu nie miał, co czyni decyzję o odrzuceniu prośby McVaya o eskortę tragicznym w skutkach błędem.
24 lipca 1945 roku, zaledwie sześć dni przed katastrofą „Indianapolis”, został zaatakowany przez japoński okręt podwodny i zatopiony w tej samej okolicy niszczyciel „Underhill”. Jednak ani McVay, ani inni dowódcy okrętów operujących na tych wodach, nie zostali o tym powiadomieni, jako że były to informacje tajne. McVay został wprawdzie ostrzeżony o możliwej obecności japońskich okrętów podwodnych, ale nie o ich rzeczywistej działalności.