6 listopada 1968 roku McVay popełnił samobójstwo strzelając do siebie ze służbowego pistoletu. Został znaleziony w ogrodzie własnego domu w Litchfield. Nie zostawił wprawdzie żadnego listu, ale sąsiedzi twierdzili, że od śmierci żony (zmarła na raka) bardzo doskwierała mu samotność. Ponadto latami musiał odbierać pełne nienawiści listy i telefony od krewnych nieżyjących członków załogi „Indianapolis”.
Oczyszczenie z zarzutów Żyjący marynarze z „Indianapolis” przez wiele lat walczyli o przywrócenie dobrego imienia swemu dowódcy. Wielu ludzi, od synów Charlesa Butlera "Quatro" McVaya IV (1925–2012) i Jamesa “Kimo” Wildera McVaya (1927-2001), po dziennikarza i historyka wojskowości Dana Kurzmana, który opisał katastrofę „Indianapolis” w książce Fatal Voyage, a nawet członków Kongresu, wierzyło w niewinność komandora McVaya. Paul Murphy, prezes USS Indianapolis Survivors Organization, powiedział: „Proces kmdra McVaya był wyłącznie po to, by odwrócić uwagę od tragicznej śmierci wielu ludzi spowodowanej przez proceduralne błędy, skutkiem których nikogo nie obeszło, że nas nie ma”.